متن پیام تسلیت حجت الاسلام و المسلمین سیدحسن خمینی به شرح زیر است:
«درگذشت جناب حجت الاسلام و المسلمین آقاى حاج شیخ جعفر شجونى رحمت الله علیه را به خانواده مکرم و بستگان و دوستان ایشان تسلیت عرض مى نمایم و از خداى متعال براى ایشان غفران واسع و براى بازماندگانشان صبر و اجر مسئلت دارم.
ان شاء الله زحمات آن مرحوم در مسیر پیروزى انقلاب توشه ارزشمندى براى ایشان به حساب خواهد آمد.»