در زمان زعامت آیتالله بروجردی، هیئتی با عنوان هیئت مصلحین حوزه برای انجام اصلاحات و ایجاد تحول در این مرکز دینیـ علمی تشکیل شد.
امام خمینی و آیات سید احمد زنجانی ، شیخ ابوالقاسم اصفهانی ، حاج آقا باقر سلطانی ، سید محمود روحانی ، سید زین العابدین کاشانی و آقا ریحانالله گلپایگانی و مرتضی حائری یزدی عضو هیئت مصلحین حوزه بودند.
در آغاز آیت الله بروجردی با تشکیل این هیئت موافقت کرد اما آرام آرام کسانی در مخالفت با این هیئت تلاش کردند ذهینت آن مرجع را نسبت به اقدامات هیئت مصلحین حوزه تغییر دهند که سپس موجب عدم همراهی آیتالله بروجردی با آنان شد.
آیت الله بروجردی در آن هنگام دستور توقف کار این هیئت را صادر کرد. از جمع آن هیئت، آیت الله مرتضی حائری یزدی فرزند عبدالکریم حائری یزدی (مؤسس حوزهی علمیهی قم) بود که به مخالفت با آیت الله بروجردی برخواست.
موضوع توقف کار هیئت مصلحین حوزه علمیه، سبب شد که حاج شیخ مرتضی حائری به حالت قهر قم را به مقصد مشهد ترک کند. البته پس از آن آیتالله بروجردی با دلجویی وی را مجبور به مراجعت به قم کرد.
او ضمن ارتباط با امام خمینی فورا پس از فوت آیتالله بروجردی، هیئتی را برای سامان حوزه علمیه با حضور علمای قم تشکیل داد.
حاج شیخ مرتضی حائری یزدی با امام خمینی رابطهای دیرینه داشت؛ آنان به جز همکاری در هیئت مصلحین حوزه هر روز هنگام غروب آفتاب در مقبرهی شیخ فضلالله نوری در حرم فاطمه معصومه (س) با یکدیگر ملاقات و گفتگو میکردند.
ازدواج دختر حاج شیخ مرتضی حائری با آیتالله سید مصطفی فرزند امام در سال ۱۳۳۵ ش بر این پیوند و ارتباط صحه گذاشت. با اعلام لایحهی انجمنهای ایالتی و ولایتی، منزل آیتالله حائری محل اجتماع علما برای اعتراض به این اقدام شد که توسط امام خمینی دعوت شده بودند.
از سمت راست تصویر زیر، حاج شیخ مهدی حائری یزدی کنار امام خمینی نشسته است.
