درحالیکه پیشتر از افزایش احتمال کاندیداتوری سید محمد خاتمی خبر داده شده بود و با وجود افزایش تمایل خاتمی برای کاندیداتوری، یکی از دلایلی که باعث شده رییس جمهور سابق ایران بیشتر نظرش به «نیامدن» باشد ، احتمال «رد صلاحیت» اوست.
به گزارش انتخاب ؛ البته خاتمی نگران رد صلاحیت شدن خود نیست، بلکه او نگران آن است که حضور او در عرصه انتخابات و رد صلاحیتش، باعث ایجاد هزینه سنگین برای کشور شود.
خاتمی نگران است که با رد صلاحیت مشایی (به عنوان کاندیدای رییس جمهور 8 سال اخیر) و همچنین رد صلاحیت خود (به عنوان رییس جمهور سابق کشور) باعث زیر سئوال رفتن وجهه بین المللی انتخابات ایران شود و تلاش ها برای پایان یا کاهش آزار و اذیت استکبار جهانی علیه ملت و رفع تحریم ها، بی اثر شود.
یک فعال سیاسی نزدیک به خاتمی در این مورد می گوید: با شناختی که از سیاق خاتمی وجود دارد، او حاضر نیست هزینه ای برای نظام ایجاد شود، اما مشایی - احمدی نژاد، تنها تایید صلاحیت و تصاحب صندلی ریاست جمهوری برایشان حائز اهمیت است.
البته آقای خاتمی اگر بیاید، یعنی مشکلی برای بررسی صلاحیت ایشان نیست، اما با وجود افزایش تمایل خاتمی برای کاندیداتوری، مسئله ای که احتمال نیامدن او را تشدید می کند همین موضوع است. در واقع می توان چنین نتیجه گرفت که مهمترین دلیل عدم کاندیداتوری خاتمی، این مسئله است.