روزنامه کیهان نوشت:
مواضع متناقض علی مطهری در قضاوت های سیاسی تمامی ندارد.
وی در مصاحبه با روزنامه زنجیره ای شرق از یک سو خواستار رد صلاحیت اسفندیار رحیم مشایی شد و از طرف دیگر بر لزوم نامزدی خاتمی تاکید کرده است او رد صلاحیت خاتمی را نشانه عدم سعه صدر نظام و تائید صلاحیت مشایی را باعث زیر سؤال رفتن شورای نگهبان توصیف کرده است.
مطهری که چند ماه پیش به خاطر حمله و اهانت به شورای نگهبان و حمایت از برخی دست اندرکاران فتنه از سوی شبکه دولتی انگلیس، عنوان اصلاح طلب جدید را دریافت کرد، خواستار حضور خاتمی در انتخابات با وجود احتمال رد صلاحیت وی شده و می گوید: تهدیدها نباید تاثیری بر نامزدی خاتمی بگذارد. [اگر رد صلاحیت شود] خود همین هم برکاتی دارد؛ از این نظر که میزان سعه صدر نظام در برابر منتقدان مشخص شده و برخی رویکردها شفاف تر می شود. هر چه مسائل برای مردم روشن تر شود بهتر از این است که در هاله ای از ابهام باقی بماند.
وی افزوده است: اگر آقای خاتمی بنا دارند بیایند باید همه هزینه ها را -حتی رد صلاحیت- بپذیرند و آماده باشند. نباید با روحیه منفعل وارد کارزار انتخاباتی شد.
مطهری همچنین گفته که «اگر آقای هاشمی نمی آید اصلاح طلبان باید حضور جدی داشته باشند تا از افراط ها کاسته شود».
وی در عین حال درباره احتمال نامزدی مشایی می گوید به احتمال قوی از دو جهت رد صلاحیت می شود، یکی از جهت رجل سیاسی نبودن و دوم از جهت گرایش های فکری غیراسلامی. اگر شورای نگهبان صلاحیت او را تایید کند مشروعیت خود را زیر سؤال می برد.
آنچه محل تامل در سخنان علی مطهری است اینکه 1- سعه صدر نظام در قبال چه کسانی باید باشد؟ فتنه گرانی که به خاطر حذف اسلام از جمهوری اسلامی و اهانت به امام و ولایت فقیه و سردادن شعارهایی به نفع آمریکا و رژیم صهیونیستی، بارها مورد تحسین سران جبهه استکبار واقع شدند؟ موضع نظام در قبال بانیان و زمینه چینان آن خیانت بزرگ ابهامی ندارد که بخواهد بعد از این روشن شود.مسائل برای مردم هم کاملا روشن است که حماسه نهم دی را رقم زده و چشم فتنه را کور کردند. 2- اگر مشایی به خاطر عملکردش و گرایش های فکری غیراسلامی فاقد صلاحیت است که هست، خاتمی به طریق اولی و به اعتبار پیش قراولی در حمایت از جریان های منحرف روی دست امثال مشایی بلند شده و چند برابر مشایی مرتکب خیانت شده است. تحت مسئولیت آقای خاتمی بود که در نشریات و میتینگ های عناصر ساختارشکن مدعی اصلاح طلبی، از ختم انقلاب و به موزه رفتن امام خمینی(ره) و انکار نبوت و امامت و قداست قرآن و احکام قطعی اسلام سخن گفته شد و برای براندازی جمهوری اسلامی آشوب های زنجیره ای ترتیب یافت. البته آن روزگار هنوز آقای علی مطهری مانند امروز دگرگون نشده بود و در نوشته ها و مصاحبه های به غایت تند و تیز، مدعیان اصلاح طلبی را افراطی تلقی می کرد و امروز در حالی که آنها به نسبت 12-10 سال پیش به مراتب ساختارشکن تر شده اند، از آنها به عنوان مقابله کنندگان با افراط یاد می کند!
با این اوصاف منطقی است که شورای نگهبان برخورد یکسانی با عناصر منحرف داشته باشد نه اینکه مانند برخی سیاست بازان تازه از راه رسیده منش یک بام و دو هوا پیشه کند.