
وی در سازماندهی سپاه و ساخت اولیة آن نقشی فعال داشت. مدتی در سمت دادستانی دادگاه انقلاب خدمت کرد و هم زمان به عنوان شهردار شهرستان ارومیه، خدمات ارزنده ای را ارایه داد.
با شروع جنگ تحمیلی ازدواج کرد و روز بعد از عقد به جبهه اعزام شد. در طول سال ها تلاش در جبهه و عملیات های مختلف، همواره از فرماندهان برجسته و دارای نفوذ معنوی بود. در عملیات فتح المبین، معاون تیپ نجف اشرف بود و در عملیات بیت المقدس از ناحیة کمر مجروح شد.
در عملیات رمضان به عنوان فرمانده تیپ عاشورا ، وارد خاک عراق شد و یکبار دیگر مجروح گردید . در عملیات مسلم بن عقیل ، سمت فرماندهی را در لشکر عاشورا داشت . همچنین در عملیات والفجر مقدماتی ، و والفجر یک تا چهار با همین عنوان به هدایت بسیجیان پرداخت.
در عملیات خیبر بود که برادرش « حمید باکری » به شهادت رسید. در آخرین دیدار با حضرت امام، از ایشان برای خود طلب آمرزش و شهادت نمود . « مهدی باکری » پانزده روز بعد در عملیات بدر، در اسفند سال 1363 مزد زحمات خود را با شهادت در آغوش گرفت.


